1998年，学校提出了两翼教学的理论，把外语教学和计算机教学作为基础教学的两翼，狠抓两翼教学的质量，把提高学生的外语实际应用能力放在外语教学的首位。在教学方面，加强了对学生能力的培养，增加了上机时间，使学生的计算机课学习效果提高很大一块。1998年，学校学生在参加全省普通高校计算机统考中，通过率达到了100%，学校在全省普通高校非计算机专业的计算机考试中取得连续三年名列第一名的好成绩。
在临床教学方面，为给学生提供更多的、更好的临床教学环境，提高学生的实践能力。1998年，学校经多方努力，先后在北京、上海、天津等城市开辟和巩固了7个实习基地，使学生的实践能力有了很大提高。
1999年5月，学校又新出台了一套完整的教学改革方案。新方案充分体现了以狠抓两翼教学为主线，大力加强基础教学，使学生适应二十一世纪发展的需要。学校还以强化两课教育为先导，进一步加强了素质教育。以提高临床实践能力为重点，全面提高教学质量。以人才市场需求为导向，合理配置发展专业建设。以优化各专业的课程体系、改革教学内容和方法为手段，努力培养知识结构合理、实践能力强、有创新精神的高素质人才。树立了以重实践、重能力培养为特点的办学理念。通过实施新教改方案，努力把学校的学生培养成为较系统地掌握专业基本理论、基本知识、基本技能和方法，具有从事实际工作和研究工作能力，适应县以上医院工作，具有创新精神和实践能力的医学人才。
为了实现这一办学构想，教学改革方案在具体操作方法上采取了压缩学时、加强两翼教学、增设教学中心实验室、开设专业实习基地、增加选修和辅修课、实行选修课学分制管理、加强临床生产实习管理等措施。
