1999年，学校第一次有教师被聘为博士生导师，从1999年开始招收博士生。
到1999年，学校已经拥有三位国家级专家，在国家解剖学会获得14个学术位置，并第一次获国家级专业委员会主任位置，作为全国三所省属医药院校之一，出席“面向21世纪中国高等医学教育改革发展战略”国际学术会议，也是唯一一所在会上宣读两篇学术论文的学校。学校还是全国四所教改试点校之一，是唯一一所从教育部获2.5项科研课题的省属本科院校。全校教师在省级以上各种学会担任职务已达90人。
1999年创办的《国际中华微量元素杂志》，由学校专家担任主编，这也是学校首次创办面向海外华人发行的国际级杂志。
为了激发教师搞好科研工作的积极性，提高科技水平，1999年，学校举办了百场学术报告会，并加强了科研课题的组织鉴定和报奖工作，全年共鉴定课题15项，申报省教委科技基金36项，有8项获省市科研奖励，争取到科研经费70余万元。
1999年，锦州医学院制药厂在锦州市高科技产品园区落户，学校研制的两种国家四类新药“脑维治”已通过国家新药评审委员会的评审投入生产。“速止血”通过省新药初审上报国家新药委员会。由于学校科技产业发展迅速，被锦州市政府评为“锦州技术创新”先进集体，于洪儒副教授被评为“锦州市技术创新”先进工作者，王宏新教授被评为“辽宁省青年科技先锋”。
1999年5月12日，学校隆重召开第四次科技大会。通过了学校“九五”后期科技发展规划及科研管理办法等科技政策，成立了锦州医学院第一届科协，表彰了6个科技先进集体和36位先进个人。
