2000年元旦，伴随着清脆悦耳的新世纪钟声，全体师生员工同全世界人民一道跨入了新的千年，迈向了21世纪。学校制定第十个五年计划和未来发展的发展规划，并稳步实施。
全面推进素质教育，教学质量全面提升。
2000年，学校全面贯彻落实了教育教学改革方案。首先，修订了部分专业的教学计划，调整了必修课和选修课的学时数，增加了选修课，并完成了以器官系统为中心的综合型本科教材医学基础总论、各论的编写工作。其次，完成了免疫与微生物教研室和人体寄生虫学教研室的合并，生物与遗传学教研室的合并重组工作。再次，新组建了5个教研室和1个研究室，新成立了3个中心实验室。
2001年，学校加强了实验室建设，新建立了4个语音室，2个研究生微机室，1个诊断学实验室，15个多媒体教室和4个药学实验室，并且加强了图书馆建设，新建了2个518平方米的阅览室，改善了教学条件也改善了学生阅读环境。
为了给学生创造更多更好的实习环境，学校还加强了教学基地建设。在原有的20余个教学基地的基础上，2000年，学校又与辽河油田联手创建了学校第一所非直属附属医院——锦州医学院辽河油田临床学院，并先后在北京、济南、抚顺等地新建了5个临床药学基地，在大连、锦州等地新建了4个药学实习基地。学校顺利地通过了省教育厅、省卫生厅组织的省属普通高等医学院校教学基地的联检。
2001年，为了进一步加强临床教学工作，学校又先后在辽阳市和营口市新建了两所临床教学医院，在哈尔滨和大连的两家著名医药企业中建立了两处药学实习基地。2001年，学校还对各教学医院学生进行了临床技能考核，召开了教学基地毕业实习管理经验交流会。
